1970 yılında Sakarya İli Karasu İlçesi Taşlıgeçit köyünde doğdu. İlköğretimini aynı köyde okuduktan sonra İstanbul Yeşil Cami Kur'an Kursunda hafızlığını ve 1989 yılında Sakarya İmam-Hatip Lisesini bitirdi.
Mezun olduktan sonra Sakarya Merkezde kısa bir süre Müezzin Kayyım olarak çalıştı. 1989 yılında El Ezher Üniversitesi İlahiyat Fakültesine başladı ve bu okuldan da 1993 yılında mezun oldu. 1994 yılında Sakarya-Karasuda İmam-Hatip olarak göreve başladı. Aynı yıl Aralık ayında askere gitti. İzmit-Gölcükte kısa dönem olarak askerliğini tamamlayarak, 1996 yılında Diyanet İşleri Başkanlığına bağlı İstanbul Haseki Eğitim Merkezinde ihtisasa başladı. 1998 yılında kursu başarı ile tamamlayarak Bursa-Karacabey İlçe Müftülüğüne Vaiz olarak atandı.
1998 yılında görevde yükselme sınavına girerek Müftülük müktesebini aldı. Ardından; Burdur İli Altınyayla İlçesine Müftü olarak naklen atandı. Burada 4 yıl görev yaptıktan sonra Almanya'ya din görevlisi olarak gitti. 2007 yılında buradaki görevini tamamlayarak yurda döndü. Temmuz ayında Artvin İl Müftü Yardımcısı olarak göreve başladı.
23/07/2010 - 28/01/2011 tarihleri arasında Bursa İli Orhangazi, 10/02/2011 - 12/09/2014 tarihleri arasında da İstanbul İli Ümraniye İlçe Müftülüğü görevlerinde bulundu. 16/09/2014 tarihi itibarıyla Gümüşhane İl Müftüsü olarak göreve başlayan Ercan AKSU, 04 Mayıs 2018 tarihli ve 30411 sayılı resmi gazetede yayımlanan kararname ile Aydın İl Müftüsü olarak atandı ve 15 Mayıs 2018 tarihinde Gümüşhane’deki görevinden ayrıldı. Evli ve 3 çocuk babası olup, iyi derecede Arapça ve orta derecede Almanca bilmektedir.